El Colegio Bautista Panamericano fue fundado en el año 1997 por iniciativa de la profesora Vilma de Cubías. Su funcionamiento se autoriza mediante el Acuerdo Ministerial de Creación, Nominación y Funcionamiento N.º 4420, de fecha 15 de enero de 1987, que faculta la apertura de los niveles educativos de Parvularia, Primer Ciclo y Segundo Ciclo de Educación Básica.

Posteriormente, el 9 de septiembre de 1999, se aprueba la ampliación de servicios educativos para Tercer Ciclo, bajo Acuerdo Ministerial N.º 15278. Más adelante, el 25 de mayo de 2001, se autoriza la ampliación para el funcionamiento de la Educación Media, en las modalidades de Bachillerato General y Bachillerato Técnico Vocacional, mediante Acuerdo Ministerial N.º 15057. En ese mismo período, a través del Acuerdo Ministerial N.º 151250>, se reconoce oficialmente como directora de la institución a la Licenciada Criseyda Yamilet Hernández Flores.

El Liceo se ubica en 13 Calle Oriente, N.º 801 Bis, Colonia Belén, San Miguel, contando con un área total de 2,000 m². De este espacio, 717.28 m² corresponden a infraestructura; 500 m² se destinan a áreas de recreación, canchas y jardines; y aproximadamente 1,000 m² adicionales forman parte de zonas aledañas utilizadas como apoyo institucional, aunque no constituyen propiedad directa del plantel educativo.

La Licenciada Criseyda Hernández decidió en el 2007 crear el canto del colegio para posicionar en los estudiantes el lema “Voy a ser el Mejor” bajo el principio bíblico de Filipenses 4:13 ¿Todo lo puedo en Cristo que me fortalece!, buscando a Dios primero sobre todas las cosas y con su ayuda lograremos nuestra meta, el objetivo del canto es que cada estudiante que pertenece a nuestra institución pueda sembrar en sus corazones la confianza en Dios en poner sus caminos en sus manos, amanecer con optimismo para estudiar y hacer lo correcto.

Se realizaron nuevos proyectos de infraestructura para crear un mejor ambiente para los estudiantes. El Liceo Bautista Panamericano cuenta con 3 pabellones, dos canchas, área para Parvularia con juegos recreativos para los estudiantes y áreas recreativas para primer y segundo ciclo, cuenta con laboratorio de ciencias, biblioteca y lectura, salón de informática, circuito de seguridad con cámaras de vigilancia.